Die Entstehung des Gebäudes war planwirtschaftlich-politisch motiviert.
In den 1960er Jahren beschloss der Ministerrat der DDR, den Aufbau und die Neugestaltung wichtiger Städte des Landes zu beschleunigen.
Sogenannte „Stadtdominanten“ sollten historischen Stadtzentren ein neues, „sozialistisches“ Aussehen geben und alle anderen Gebäude überragen, insbesondere die Kirchtürme.
Für Jena wurde der Staatsarchitekt Herman Heiseman mit dem Entwurf eines Rundturms beauftragt, der Symbol eines Fernrohres sein sollte.
Das Gebäude sollte als Forschungszentrum des Kobinantes Carl Zeiss Jena genutzt werden.

Im Juni 1969 wurde das vom Zweiten Weltkrieg verschonte historische Wohn- und Geschäftsviertel um den Eichplatz abgerissen, um Bauplatz für den geplanten Rundturm zu gewinnen.
Die Grundsteinlegung erfolgte am 30. April 1970. Zwischen Juni und September 1970 entstand der Stahlbetonkern in Gleitschalbauweise.
Aus Kostengründen konnte das Gebäude nur in einer reduzierten Variante des ursprünglichen Henselmann-Entwurfs umgesetzt werden.

Am 2. Oktober 1972 wurde das Hochhaus feierlich eingeweiht.
Da für eine Nutzung durch das Carl-Zeiss-Kombinat kein Bedarf mehr bestand, wurde das Gebäude der Frierich Schiller Universität Jena zur Nutzung übergeben.

Nach 1995 verließ die Universität den Turm.
Das nun leerstehende Gebäude wurde vom Eigentümer, dem Land Thüringen, zum Verkauf ausgeschrieben.
Für den symbolischen Kaufpreis von 1 DM erhielt die Saller Gewerbebau GmbH den Zuschlag.

1999 begannen grundlegende Umbauarbeiten.
Die alte Fassade wurde abgebrochen und durch eine neue
Vorhangglasfassade ersetzt.
Die Sockelumbauung wurde abgerissen und durch einen Neubau ersetzt. Am Leutragraben entstanden eine Tiefgarage und ein Riegelbau mit 5 Geschossen.
Der Turm erhielt zwei zusätzliche Stockwerke sowie einen Antennenaufbau und erreichte damit 2001 eine Höhe von 149 m.
Nach einer Erhöhung der Turmantenne im Jahre 2004 ist der Jentower aktuell 159,60 m hoch und somit das derzeitig höchste Gebäude der östlichen Bundesländer.